Se crea la Segunda Subinspección General del Ejército (Sur), mediante la Instrucción núm. 59/2005 de 4 de abril. El acto fundacional se realizó el 23 de junio del 2005 en este Acuartelamiento de La Borbolla siendo presidido por el que ha sido su primer Jefe, el General de División D. José Manuel Mollá Ayuso, gran impulsor y fundador de ésta Subinspección.
La Instrucción núm. 59/2005, que enmarca el proceso de racionalización de las estructuras del Ministerio de Defensa y de los Ejércitos, tendente a reducir sus dimensiones y en la búsqueda de una organización conjunta y guiada por el principio de economía de medios. Con ello, se culmina el proceso de repliegue territorial y despliegue funcional de los Ejércitos iniciado en los años setenta.