El actual Mando de Canarias surge como consecuencia de la necesidad de adecuar la organización de los Ejércitos a los nuevos criterios de modernidad, operatividad y eficacia.
Tras una serie de transformaciones, que durante décadas afectó a la totalidad del Ejército de Tierra, es en el año 2002 cuando desaparece la estructura territorial y se sustituye por una estructura orgánica basada en factores funcionales y operativos.
Esta nueva estructura, desarrollada en la Orden Ministerial 3537/2003, establece que el “Mando de Canarias es el órgano formado por el conjunto de Unidades del Ejército de Tierra que están desplegadas en el archipiélago canario y dependen orgánicamente de este Mando”.