La Academia General Militar está mandada por un General de Brigada del Ejército de Tierra que, a su vez, es el Director del Centro. La organización de la Academia se articula en seis grandes núcleos :
1.- Órganos asesores y de apoyo dependientes directamente del General Director :
► Plana Mayor de Dirección (PLMD) :
Es el principal órgano asesor del General Director.
► Sección de Asuntos Económicos (SAECO):
Gestiona todos los recursos económicos asignados a la AGM.
► Órgano de Apoyo Institucional al Comandante Militar:
Proporciona el apoyo y asesoramiento al General Director en el ejercicio de sus cometidos como Comandante Militar de Zaragoza y Teruel.
► Suboficialía Mayor:
Asesora en materia de Suboficiales y Tropa, siendo el elemento de enlace con ellos.
► Asesoría Jurídica:
Proporciona asesoramiento jurídico al General Director.
► Secretaría Particular.
2.- La Jefatura de Estudios (JEST) : gestiona todo lo referente a Planes de Estudios, Alumnado y Profesorado. Encuadra orgánicamente a todos los alumnos.
3.- La Jefatura de Apoyo y Servicios (JAS) : proporciona los apoyos a las actividades de instrucción y adiestramiento y los servicios de acuartelamiento a toda la Academia.
4.- Unidad de Música : coordina y ejecuta todas las misiones referente a la música en actos militares y conciertos.
5.- Biblioteca y Museo : gestiona los fondos bibliográficos y museísticos de este Centro de formación.
6.- Cátedra Cervantes : organiza y coordina el ciclo de conferencias de la Cátedra, el Curso Internacional de Defensa y dirige la Revista y el Suplemento "Armas y Cuerpos", con la finalidad de contribuir a la formación integral del Cadete y promover la difusión de la cultura de defensa.
